Preferenceの論理破壊のコメントもらったので、どういう動きになるか試してみたよ。

[インストール直後]
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設定ファイルなし
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取得値
-autoboot:初期値(false)
-repeat:初期値(あああ)
-offset:初期値（かかか）


[値を設定]
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<?xml version='1.0' encoding='utf-8' standalone='yes' ?>
<map>
<string name="offset">かきくけこ</string>
<string name="repeat">あいうえお</string>
<boolean name="autoboot" value="true" />
</map>
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取得値
-autoboot:設定値(true)
-repeat:設定値(あいうえお)
-offset:設定値（かきくけこ）


[1つをあえて破壊]
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<?xml version='1.0' encoding='utf-8' standalone='yes' ?>
<map>
<string name="offset">かきくけこ</string>
<null name="repeat" />
<boolean name="autoboot" value="true" />
</map>
---------------------

取得値
-autoboot:設定値(true)
-repeat:初期値(あああ)
-offset:設定値（かきくけこ）


[復旧]
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<?xml version='1.0' encoding='utf-8' standalone='yes' ?>
<map>
<string name="offset">かきくけこ</string>
<string name="repeat">あいうえお</string>
<boolean name="autoboot" value="true" />
</map>
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取得値
-autoboot:設定値(true)
-repeat:設定値(あいうえお)
-offset:設定値（かきくけこ）


上記のように、破壊された設定値は読めなかった（まぁ当然ですね）が、ほかの値は正常に読めていました。
nullを設定した値に関しても、初期値で取得されます。

ということで、論理破壊が起こった場合は、その項目についてのみ設定がぶっとぶ（初期値に戻る）事がわかりました。
で、論理破壊が起こるとすると、コーディングミスがほとんどだと思います。
→コメントでももらいましたが、クリアされたインスタンス変数を設定しているなど。

これは、治せます。（というか、治します。）

論理破壊の判断基準としては、設定全消しではなくて、項目単位で消えるはずです。
もし、お手持ちのSwipeStarterで、だいたいこの項目とこの項目が消えるぜっ！ってのがあれば、ご連絡ください。
※すいませんが、プログラムを見直した感じだと、この落ち方をする個所はないように思えたので、場所の特定には至っていません。
　また、僕の端末でもこのような設定消去が起こったとこがないので、あたりも付けられず。。。。
　ごめんなさい。。

-備忘録-
putStringでnull設定しても、nullっていうノードができるのね。
イメージとしては<string name="xxx" />みたいになると思ってた。
ノード名=型名でした。
指摘もらってよかった。たくさん勉強になった。